2010年底国务院发布的《全国主体功能区规划》首次把国土空间划分为禁止开发、限制开发、重点开发和优化开发四类主体功能区，规定禁止开发区是禁止进行工业化城镇化开发的重点生态功能区，并对该区实施强制性保护。这是从源头上扭转我国生态环境恶化趋势、实现可持续发展的重大举措。对禁止开发区实施强制性保护的功能定位，使单纯追求GDP增长的经济发展模式和自上而下高度同构的政府管理体制已不再适应禁止开发区主体功能定位的发展要求，并且仍秉承发展地域经济和“多头管理”的现行管理体制已对禁止开发区实施强制性保护构成障碍。为了落实《全国主体功能区规划》，对禁止开发区实施强制性保护，可考虑构建职能统一、目标统一、政策统一、管理统一的禁止开发区管理体制，考虑对该区域的管理体制、管理主体、实施主体及相关责任进行制度性规范，把禁止开发区之间的争端协调导入法律保障的轨道。